在《异种航员2》这款策略游戏中，你将领导一个跨国军事组织，完成清剿外星威胁的任务。你暗中潜伏，一旦发现天外来客的踪迹，便必须将其追查并剿灭。你需要扩建和管理遍布全球的秘密基地网络，并推进研究和发展进程来缩小与外星侵略者之间的科技差距。哪里有外星威胁出现，就在哪里训练、武装和指挥你的地面部队。
游戏中的时代背景是冷战不曾终止、柏林墙仍旧屹立的 2009 年。一个秘密组织活动于暗中，不顾政治疆界的限制，搜集着关于人类更重大威胁的情报。有关未知飞行物和不明生物的离奇见闻变得越发普遍，国际间的紧张和恐慌情绪也越发强烈。相关目击者离奇失踪的情况频繁出现，显然外星人已经日渐肆无忌惮。时间紧迫。
知识就是力量——可惜在你上任时，我们对外星来客的了解极为有限。你需要在全球范围内进行作战任务，充分了解你的敌人。在致命的策略性战斗中剿灭外星势力，回收研究样本，以便己方科学家升级设备并逐渐揭开外星侵略背后的真相。
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各种各样、不同种类的敌人纷至沓来，各自拥有自己的优势、弱点和战斗方式，使你时刻不得安宁。保存好外星人的尸体并对其进行解剖，从而了解他们潜在的弱点，以便进行更周全的准备。
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外星人并不是你唯一需要对抗的敌人——被称之为“清道夫”的人类组织与外星势力勾结，提升了他们在兵力、战斗场所和任务目标方面的多样性。清道夫们为达成外星人的目标而奔走，在他们的直接指挥下行动——任何针对清道夫的进攻，都是对他们外星主人的间接进犯。你可以通过渗透他们的基地、窃取数据以及了解他们的阴谋来获取情报。
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每一场作战都是了解敌人及其作战方式的极佳机会——只要你无惧风险。你是会选择用炸弹、手榴弹和导弹等激进方式迅速消灭敌人，还是会选择更温和的手段来获取尸体和外星科技，以便将其带回总部进行解剖和技术分析？你会加强空军建设以便击落不明飞行物并调查它们的坠落现场来获取情报吗？你的对手在科技和设备两方面都占据优势，这意味着你做每一个选择都需要仔细权衡。
外星人的进攻不分国界，抵御战将在全球范围内展开，因此你的部队要准备好凭借众多基地在全球行动，并抓紧行动间隙的时间好好休息、疗养身心、重整军备、充分调研，最终再次迎击敌人。在错综复杂的模拟局势之中，再微小的变化也会对整个游戏产生超乎想象的影响，没有一场战役是无关紧要的。
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阿拉斯加的一座小雷达站在白令海峡周围检测到了异常。勘察加和育空地区的空军基地迅速派遣战斗机前去调查，追击了数个不明飞行物，并将它们击落于海上。而在数千英里之外，意大利的雷达站与阿尔及利亚基地的响应小队和法国的空军基地联手，阻止了外星人在伊比利亚半岛的数起作战行动。与此同时，一座新的基地在东南亚地区建立起来，因为外星入侵者已多次在此逃脱制裁，并且引发了恐慌。你需要建造、设计并管理数个基地，每个基地都有自己的战斗机编队、运输工具、雷达阵列、研究小组、作战人员等物资与人力。配置基地时，玩家需考虑燃料的限制，并利用网格建构系统令每一座基地的规划达到最优。根据你的需要，可以为每一座基地指定侦察、紧急响应小队、研究、制造、防御等专精方向。
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发展多种研究途径，以便获得各式各样的战机、载具、武器、装甲与其他战场设备用于试验。而你在战场上的作战方式，取决于交战地形和你带上战场的武器。机械化作战平台与载具能够破坏掩体，发射独具毁灭性的弹药，帮助你左右战局，但你也可能因此错失收集完整外星人尸体与设备进而获取珍贵资源的机会。庞大的研究树能提供一百多种可解锁的计划，供你发展出自成体系的策略与战术，从而应对外星威胁。
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将外星科技融合进各种设备中，甚至研发出自动作战平台与岗哨枪炮，协助你的前线作战与基地防御。若给研究团队提供足够的时间、金钱与资源，你便能装备齐全地对抗威胁。可惜这三项永远稀缺。你会急于制造自动作战平台来减小针对作战人员的威胁吗？还是生产额外运输机来同时处理多项威胁？抑或是改良战士们的装备来提升他们截击和歼灭外星部队的能力？
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你在基地建造的训练中心能让士兵们利用战斗的间歇来提升作战能力，不过当然了，实战经验的价值无与伦比。每一项任务都是一次机会，作战人员可以根据战斗中采取的行动精进自己的技能，甚至靠功绩挣得奖章。
在迎击外星侵略者时，不论在空中还是地面作战，你的战术能力都会受到考验。战斗是相当危险的，你需要管理位置部署、弹药、视线、掩体和更多因素。你麾下的作战人员许多会出现伤亡，但幸存下来的人会更有经验，日后也能更娴熟地应对危机。
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派遣战斗机来回应不明飞行物目击事件，并指挥战斗机与其展开即时策略性战斗。将行动方针与攻击目标告知驾驶员，确保他们在取得胜利的同时也留意燃料存量以及附近机库的距离。不要强行单挑——如果外星人派出全副武装的先进太空船，那你也应该集结兵力，派出你最强悍的飞机战队痛击敌人。空战不可避免地会涉及战略层面，你对全球基地网络的精心规划至关重要。
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行动起来，派出作战人员执行各种任务，达成多样目标，但要小心，你的敌人可不会坐以待毙。外星人会积极采取行动，试图摸清你的势力范围，狡猾地在你的视野之外发动袭击，或是匿于掩体，或是利用高地。只有通过有效的侦察、伏击并消灭敌人，才能提升获胜的可能。
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战场充满危险，而外星人也不会在你追击的时候束手就擒，损失在所难免。别想着一支精锐英雄小队就能毫无损伤地赢下一场又一场战斗——战场与地狱无异，你的许多部队会为了抵御外星人入侵而失去生命。你的精锐之师固然珍贵，但即便是最底层的新兵，也都是做好战斗准备的熟练战士。他们能否成为未来的老将完全取决于你。
《异种航员2》是一款独立的游戏，即使没有接触过前作《异种航员》的玩家也可以充分享受背景故事和游玩体验。游戏拥有紧张的战斗、精深的谋略以及诡谲多变的战局模拟，能够带领本系列的老粉丝和新玩家一同领略这个关于保卫地球、捍卫全人类的黑暗而刺激的故事。
